Abdul Hakam Naja menyelesaikan pendidikan S1 di Universitas Gadjah Mada, S2 di Universitas Indonesia di Fakultas Ekonomi dengan fokus pada Perencanaan dan Kebijakan Publik, serta meraih gelar Doktor Ilmu Ekonomi di Universitas Padjadjaran dengan penelitian mengenai Perbankan Syariah. Saat ini, ia menjabat sebagai Ketua Lembaga Amil Zakat Infak dan Sedekah Nasional Kemandirian Umat (LAZISKU) Keluarga Besar Pelajar Islam Indonesia untuk periode 2021-2026 dan Dewan Pertimbangan Ikatan Ahli Ekonomi Islam (IAEI) 2025-2030. Selain itu, ia juga menjadi anggota Dewan Pakar Pengurus Pusat Keluarga Alumni Universitas Gadjah Mada (KAGAMA) untuk dua periode, yaitu 2014-2019 dan 2019-2024. Dalam perjalanan karirnya, Abdul Hakam Naja juga memiliki pengalaman penting di dunia legislatif. Ia pernah menjabat sebagai Anggota DPR RI Komisi IX (Keuangan, Perbankan & Perencanaan Pembangunan) 2003-2004, Wakil Ketua Komisi X (Pendidikan, Kebudayaan, Olah Raga & Pariwisata) 2005-2007 dan 2009-2010, Wakil Ketua Komisi VIII ( Agama, Sosial, Pemberdayaan Perempuan & Penanggulangan Bencana) 2007-2009, Wakil Ketua Komisi II (Politik, Pemerintahan, Pertanahan & Reformasi Birokrasi) 2010-2014. Selain itu, ia juga menjadi Anggota Badan Anggaran DPR RI 2018-2019.
